Prof. Kunz studierte Biologie an der Philipps-Universität Marburg. Nach der Promotion im Fachgebiet Medizinische Parasitologie wechselte er 1991 als PostDoc in das Institut für Humangenetik an die Medizinische Fakultät der Philipps-Universität.
Im Rahmen des weltweit durchgeführten Humangenom Projektes folgten Forschungsaufenthalte im Rahmen der Analyse des menschlichen Chromosom 7 am Imperial Cancer Research Fund (ICRF) in London und dem Hospital for Sick Children Toronto.
Die Habilitation erfolgte 1999 im Fach Humangenetik an der Philipps-Universität in Marburg. Im Jahr 2005 wechselte er in die Diagnostik genetischer Erkrankungen nach Berlin. Von 2005 bis 2014 Leitung des zytogenetische Labor am Institut für Medizinische Molekulardiagnostik (IMMD) in Berlin um Anfang 2015 als Laborleitung nach Hamburg zu wechseln.
Als Gründungsvorsitzender des Netzwerks der Fachwissenschaftler e.V. (NFM e.V.) und als Vizepräsident des Berufsverbandes Deutscher Humangenetiker (BVDH e. V.) engagiert sich Prof. Kunz für die berufliche Anerkennung von Fachwissenschaftlern in der Medizin wie auch das Qualitätsmanagement genetischer Diagnostik in Deutschland, Österreich und der Schweiz innerhalb des Berufsverband.